换面切换，出现在镜头中的是一幅1937年的南京地图。在地图的中心出现了一个红色十字，随即一条红线以红十字为中心，沿着四周的街道游走，勾画出一个六边形，这就是南京安全区。界内共分设交通部大厦、五台山小学、汉中路小学等25个难民收容所。
在红线游走的同时，镜头叠化，安全区的四周屋顶插上了红十字会会旗，难民们向潮水般涌进安全区。随后地图消失，出现在观众面前的是金女大校门口。
在金女大校门前，站着数千从周边城市逃过来的难民，扶老携幼，神情惊慌而又恐惧。魏特琳和程瑞芳站在在大门外让难民以家庭为单位有序地进来，学校的工人负责引导。魏特琳的中文老师王耀庭的三个孩子，以及程瑞芳的孙子都只有几岁，但也都过来帮忙。他们都带着安全区的袖标，这非常重要。
这些难民很多都是全家一起逃过来的，但金女大是女校，只接受妇女和儿童。很多难民不愿意和家人分开，就哀求魏特琳放他们一家进去。一个十五六岁的年轻姑娘，苦苦哀求道：“求你让我们进去吧，我爸爸生病了，我不能把他扔下不管啊！”
魏特琳为难地道：“我们是女子学院，只向妇女和儿童开放，接纳男人们来住不合适。”她看着女孩温和地道：“如果你要照看爸爸，那就去其他安置点吧，安全区有很多安置点，可以接纳一家人，也不远的！”
有人问道：“哪里有能够接纳全家的难民营？”
魏特琳回答道：“五台山小学、汉口路小学、交通部、南京大学图书馆，有20多个呢，除了南京大学宿舍楼，其他难民点都接纳男人。”
年轻女孩向魏特琳道了声谢，带着父亲走了。妇女和儿童继续往难民营里走。不过魏特琳她们很快又拦住了一个女人，她带了一个十多岁的男孩。妇女见魏特琳她们不让进，就道：“我儿子只是长得比较高，他实际上只有十三岁！”
魏特琳就道：“可是他看起来已经像是成年人了，这真的不合适。”
妇女哀求道：“你就行行好，让我们进去吧！”
程瑞芳看了看妇女，又看看看她的儿子，皱了皱眉，提高嗓门道：“金女大没有接纳我们任何人的义务，可东洋鬼子要来了，它为我们提供了庇护所，但也请你们体谅学校的难处。这是女校，收容男性不合适！”
镜头切换到神学院后的小山上，拉贝和参谋部的龙应钦上校和周上校发生了冲突。现在安全区已经启动，并开始接受难民了。但就在这时拉贝和施佩林发现国军没有按约定从安全区撤出来，而且重新布置了工事和高射炮阵地。拉贝他们要求部队和军事设施从安全区撤出，否则日军进行轰炸，会造成大量的伤亡。
在争吵的过程中，日军的轰炸机过来轰炸，而就在离拉贝他们不远的高射炮阵地猛烈开火射击。这无疑加剧了拉贝的担心，一旦日军发现安全区有高射炮阵地，过来轰炸，那么对安全区的难民来说，无疑是一场大屠杀。
拉贝与龙少校争吵后，决定去找唐生智，让他解决来这个问题。
汽车开到半路上，一辆运粮卡车呼啸而至。拉贝看到是韩湘琳在开车，就问是怎么回事。韩湘琳告诉他，刚才他们遭到了轰炸，司机一只眼睛被弹片炸瞎了。拉贝见司机满脸是血，当即对韩湘琳说，你把粮食运回去，我们送他去鼓楼医院，让委员会负责照料他。
等受伤的司机上车后，汽车便飞驰电掣般向鼓楼医院而去。随后镜头切换，汽车在一栋三层的白色小楼前停下，张纯如从车上下来，抱着一个大纸箱向房门走去。这是邵子平博士的家，时间回到了1995年。
邵子平的妻子见张纯如情绪不对，就问她怎么了。张纯如告诉邵子平的妻子，自己在耶鲁档案馆找到了魏特琳写的日记，魏特琳在南京期间保护了上万妇女和儿童。她说自己读了魏特琳日记，但里面的内容太让人心碎了。说到这里张纯如控制不住情绪，失声哭了起来。
张纯如一哭，银幕前的华人以及中国人眼眶也都湿润了，大家知道张纯如为什么会哭。但在场的外国嘉宾和记者则没什么反应，他们中的一些人甚至觉得奇怪，张纯如到底看到了什么，为什么会哭成这样？
镜头切到戴维-马吉的家，戴维-马吉告诉张纯如，他父亲正是在南京期间，心理受到了眼中的创伤，导致了他过早死亡。说完之后，戴维-马吉开始为张纯如播放他父亲当年拍摄的影片。
出现在观众眼前的是一段南京城的大全景，在镜头的远处，漂浮在空中的浓烟告诉所有人，这是一座战火中的城市；随后画面渐渐有了色彩。张然通过两段完全相同的影像完成了转场，从戴维-马吉家转到了南京城；时间也成1995年回到了1937年。