南明时追赠太保，谥忠武。
同时周遇吉还是抗清名将。
1642年11月，清兵七万余众从山东劫掠大量物资和青壮年人口经杨柳青北返关外，整个山东、河北两省各地明军或望风而逃，或撤兵让路。
当时已接圣旨由杨柳青调往山西任总兵的周遇吉本已带兵开拔，但他听说清兵要过境杨柳青，遂率骑兵返回杨柳青，利用地形痛击清军，在杨柳青与清军大战三天三夜，清军死伤数千，创造了在明清交战史上罕见的明军以少胜多的战例。
在那个见了清军就逃的时候，别说是与清军交战了，就是不逃走、不投降便是大大的忠臣了。
周遇吉敢于同清军交战，还能斩首数千，无异于蒙蒙暗夜中一颗极其闪亮的星，于是因功加太子太保、左都督。
1644年2月7日，太原沦陷，原任山西巡抚蔡懋德自尽身亡。
李自成在太原休整八天之后，又攻取了忻州，进而急攻代州。周遇吉在代州坚守数十天之后，粮尽援绝，率军突围后退保宁武关。
宁武关位于山西中部，传说由凤凰所变，故有“凤凰城”之称。宁武是由太原北上大同的交通要道，明朝景泰年间建筑关城，与偏关、雁门关一起成为防御鞑靼骑兵的山西三关之一，战略地位极为重要。
宁武关地势险要，李自成自然志在必得，史载此次战役进行得相当惨烈。大顺军因为在明军火炮猛烈的轰击伤亡较重，曾以“五日不降者屠其城”的宣传攻势希望迫使周遇吉投降。
明军火药即将耗尽的时候，一些将领也曾劝说周遇吉改变策略不要一味硬拼，但被“一军皆忠义”的周遇吉断然拒绝。
于是在城内设伏，出弱卒诱敌入城，亟下闸杀数千人。
由于周遇吉的顽强抵抗，李自成一度准备放弃攻取宁武关，但他手下的将领们一再坚持，大顺军因而再次对宁武关发起了猛攻，在火炮的轰击之下，关城不断坍塌，大顺军冲锋的前队战死，后队马上跟进顶替，终于攻破宁武关。
大顺军攻入关城之后，周遇吉继续指挥巷战，从战马上摔下来后又徒步奋战不止，在身中数箭被大顺军生擒后也仍然破口大骂不愿屈服，大顺军将周遇吉悬吊于高竿之上乱箭射死，然后又将尸体肢解。
周遇吉的夫人刘氏素来勇健，带领几十名妇女拒守公廨（官邸私宅），登上屋顶向大顺军放箭，全部被大顺军烧死。
三月初一日（4月7日）李自成克宁武关，前后死将士七万余人，伤亡惨重，《罪惟录》记“后贼陷京师，多有手足创者，皆经战宁武者也。”
城破之后，大顺军“遂屠宁武，婴幼不遗”，百姓被杀者甚众，这也是李自成的一个手段，若是投降只杀贪官污吏；若是不投降，全城皆屠戮。
但据守武宁关杀敌七万余的战绩，谁人能敌？
只可惜这个时候的明帝国既没有派援兵支援（根本无兵可用），也没有运送补给，让这支骁勇善战的孤军，饿着肚子走完了最后一程。
而也就在三月一日当晚，大同总兵姜瓖投降，宣府总兵王承胤降表亦到。
三月初八日，大顺军至阳和。
三月十一日，大顺军开进宣府，“举城哗然皆喜，结彩焚香以迎”。
三月十五日，大顺军抵达居庸关，监军太监杜之秩、总兵唐通不战而降。真定太守邱茂华、游击谢素福出降，大学士李建泰在保定投降。
三月十八日，大顺军攻进明京师西外城。
三月十九日，兵部尚书张缙彦主动打开正阳门，迎刘宗敏所部军，中午，李自成由太监王德化引导，从德胜门入，经承天门步入内殿，明京师彻底沦陷。
这便是明朝整个灭亡的经过。
可以这样说，李自成除了遇到周遇吉抵抗了，根本没有遇到其他大的抵抗，其他文武大臣，皆是望风而降。
甚至李自成在宁武关久攻不下的时候，曾一度准备撤回陕西，要不是死的人太多了，手下的将士杀红了眼，有可能历史真的就从周遇吉这，就从这宁武关改写了。
农民军攻入北京之后，士卒们还在说：“如果每一镇的主将都象周总兵那样，我们如何能够到达这里？”
后世之人常说明亡于东林文臣，但谁能说这些望风而降武将就没有一点责任？
在那个投降保命、献城富贵的时候，周遇吉可以说是少数几个既有能力又心怀忠诚的明臣，其他人与之相比，真的是米粒之辉，粗鄙不堪。
虽然周遇吉已经逝去，但是他的美名至今流传，在武宁当地，还可以找到周遇吉和妻子刘氏的墓葬，朱慈炤在前世经过此处的时候，还曾去凭吊过。
壮哉，我大明周忠武！
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